市交通运输局内设机构15个（其中4个执法科室）具体内设机构名称及职责调整如下：
一、办公室。负责文电、会务、机要等机关日常工作；承担政务信息、保密、信访、政务公开、对外宣传等工作。
二、政策法规科。指导交通行业体制改革、结构调整等工作;负责交通法律、法规、规章和政策措施的监督实施；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；负责有关行政复议、行政应诉工作；指导收费公路的业务管理工作；指导本系统依法行政和普法教育工作。
三、财务审计科。组织编制部门预、决算；负责局机关会计核算、国有资产账务管理和内部审计工作，会同有关部门管理交通各专项资金；负责局管交通资金的拨付及使用监督；指导局直属单位财务审计和国有资产账务管理工作。
四、综合规划科。组织编制综合交通运输体系规划及公路、水路、港口、地方铁路等发展战略、专项规划；参与拟订物流业发展战略和规划；组织审查、审核交通规划，指导、参与基建项目的重大方案调整。承担公路、水运交通行业对外合作与交流工作。拟定交通行业科技、教育、信息化发展规划、计划、措施并指导实施，组织重大交通科技专项规划。承担交通基础设施建设项目前期工作、后期评价工作及参与有关规划的审核工作；负责港口建设使用岸线布局的行业管理；负责交通运输综合统计。承担其他有关协调管理工作；负责交通建设项目计划安排的编报工作。
五、综合运输科（行政审批科）。指导道路运输行业管理及城市公共客运的相关工作；组织实施重点物资和紧急客货公路运输；按规定承担物流市场有关管理工作；组织协调道路、水路、地方铁路等多种运输方式的衔接工作;协调地方铁路的运营管理工作；协调民航、邮政及铁路等运输管理机构的涉地相关工作；配合有关部门加强公路、水路交通无线电管理；指导道路运输行业环境保护和节能减排工作；负责市级道路旅客运输经营、道路货物运输经营、城市公共汽（电）车客运和出租车客运经营以及道路运输相关业务许可管理。负责经营性道路运输（客货运输、出租汽车、道路危险货物）从业人员从业资格监督管理。主要承担办理办结不需要现场勘察、专业论证、集体研究、社会听证、上报审批等本单位所有行政审批事项，并牵头受理、协调督办其他行政审批事项。
六、基建管理科。负责公路、水路建设市场的监督管理;负责交通基本建设工程质量、造价监督工作;负责市管交通建设项目设计、施工、监理、试验检测许可审批；组织市、县重点交通建设项目的竣工验收;指导公路养护和农村公路建设的管理工作；组织审查、审核交通工程的设计方案，重大技术事故鉴定的调查；负责交通工程科学研究、科技交流工作及新技术、新材料、新工艺的推广应用；参与对在建项目工程质量与施工安全的监督检查。负责全市交通工程质量监督工作的行业管理和业务指导工作。
七、港航管理科。参与拟订水运和港口发展战略，指导和监督水运和港口方针政策和地方性法规、规章的实施；负责水路运输及辅助业和港口经营及辅助业的行政许可或备案；参与水路、港口规划及建设项目审核，负责对港口公用基础设施的监督管理；负责水路运输、水路运输服务及船舶代理等辅助性业务的行业管理;负责港口辅助业的行业管理；参与管理水路运输有关经费的统筹使用，参与组织征收和管理港口行政管理等相关规费；负责组织实施水路重点物资、军事、防洪抢险、紧急客货运输；协调海事等管理机构的涉地相关工作。
八、交通战备科。负责执行国家和省国防交通工作的方针政策和法律法规，拟订全市有关国防交通工作的规定和计划并组织实施；指导全市交通战备系统的相关工作，协调处理有关问题；为军事行动和其他紧急任务组织交通保障，承担市交通战备职责范围内具体工作；承办市人民政府、市国防动员委员会和上级国防交通主管机构交办的其他事项。
九、交通安全科（应急办公室）。组织拟订交通行业安全生产管理规章制度并监督检查执行情况；指导交通行业安全生产的管理工作，监督落实安全生产责任制；组织、指导交通行业安全生产和应急管理的宣传教育工作；按规定组织或参与交通行业安全生产事故的调查处理工作；负责交通行业安全生产事故统计上报工作；完成上级交办的其他任务。
十、路政管理科。宣传、执行有关公路路政管理的法律法规、规章制度和政策；依法规对市辖区内国、省、县、乡道实施路政管理工作，制定路政管理工作计划，实施路产路权管理，依权限实施路政许可及路产索赔工作；维护路产、路权、公路设施的完整；指导各县（市、区）交通运输局路政管理工作，公路、公路用地和公路设施登记、确权工作，建立健全公路管理档案工作；参与公路工程交工、竣工验收。
十一、执法监督科。贯彻执行国家、省有关交通运输方针、政策和法律法规规章，拟订全市交通综合行政执法的工作规划、业务规范及各项管理制度；负责全市交通综合行政执法的监督及统筹、协调工作，部署、组织全市统一或专项综合执法行动及跨区域的交通综合行政执法工作；指导、监督与考核全市交通综合行政执法工作；负责交通综合行政执法文书的发放和使用情况的登记管理工作;负责组织交通综合行政执法人员的执法培训。
十二、执法一科（执法一支队）。负责对管辖的高速公路（汕湛、广清连<含清西大桥及连线>、二广、韶贺等高速）路政的行政检查、行政处罚、行政强制等工作；负责本科执法案件统计、信息管理、执法文书及违章案件卷宗档案管理和内部监督工作；负责市属行政执法职责的行政检查、行政处罚、行政强制等执法职能。
十三、执法二科（执法二支队）。负责管辖的高速公路（广韶、广乐、汕昆、广连、佛清从等高速）路政的行政检查、行政处罚、行政强制等工作；负责本科执法案件统计、信息管理、执法文书及违章案件卷宗档案管理和内部监督工作。
十四、执法三科（执法三支队）。统筹全市交通运输智能化、信息化建设的行业管理工作；负责拟订交通运输行业信息化发展规划、计划和措施；承担交通运输信息安全保密；负责督导全市运用信息化手段（含高速公路及普通公路非现场执法）监管重点路段、源头单位、公路治超检测站（点）、客货运输站场、港口、码头等；指导全市交通综合行政执法信息化建设及管理工作；负责道路运输车辆动态监控管理工作；负责交通综合行政执法公示和数据推送（含门户网站、两法衔接、两建平台等）；负责违章案件的统计、汇总、分析和上报；负责局信息网络系统和网络管理、运行、维护。
十五、人事科。负责机关和指导所属事业单位人事管理、劳动工资、共青团、妇女、儿童、干部培训和离退休人员服务工作；按规定管理所属单位领导干部；负责局机关及指导所属单位的人才工作。
机关党委。负责机关和所属事业单位的党群工作。
