清远市河流众多，分属珠江水系和长江水系，属珠江水系的有北江区、桂贺江区及珠江三角洲区。其中，北江区的集雨面积最大，占全市94.7%，桂贺江区占4.12%，珠江三角洲区占0.65%，属长江水系的洞庭湖区集雨面积最小，仅占0.5%左右。全市集雨面积100平方千米以上的河流有74条，其中集雨面积1000平方千米以上的河流有北江、连江、潖江、滨江、滃江、烟岭河、青莲水等。
2021年，全市年降雨量2023.9毫米，折合降雨总量387.62亿立方米，地表水资源量为251.38亿立方米，地下水资源量58.17亿立方米。全市水库年末蓄水总量10.91亿立方米，其中大型水库年末蓄水总量7.55亿立方米，中型水库年末蓄水总量3.36亿立方米。全市总（用）水量18.06亿立方米，其中地表水源占97.13%；地下占2.6%。全市用水消耗量为7.79亿立方米。
全市人均用水量456立方米，万元GDP用水量101.61立方米，万元工业增加值用水量21.32立方米，农田灌溉亩均用水量734.1立方米，城镇居民人均生活用水量170升/日，农村居民人均生活用水量120升/日。
