（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作。承担信息、保密、信访、建议提案办理、政务公开工作。按照“管行业必须管安全，管业务必须管安全，管生产经营必须管安全”的责任体系要求，依法负责行业领域的安全生产监督管理工作。
（二）规划发展与信息化科（市爱国卫生运动委员会办公室）。承担健康清远战略协调推进工作，组织拟订卫生健康事业发展中长期规划，指导卫生健康服务体系及信息化建设，组织开展卫生健康统计工作。为局机关信息化工作提供技术保障。承担市爱国卫生运动委员会日常工作。
（三）财务科。承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计工作。承担统筹规划与协调卫生健康资源配置工作，管理大型医用装备的配置。协同管理卫生医疗服务价格和规范服务行为。指导、监督市级卫生健康事业经费的管理使用，指导、督促药品和医疗器械采购相关规范。
（四）政策法规与综合监督科。承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉、重大行政决策事项和重大行政执法决定法制审核等工作。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作。组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查。完善综合监督体系，指导规范执法行为。指导卫生健康系统落实执法责任制，组织协调落实本部门执法责任制。组织推进本部门行政审批制度改革及职能转变相关工作。督促检查贯彻执行有关卫生和计划生育政策法规的情况，协同有关部门查处违反政策法规的重大案件。组织卫生健康系统普法工作。组织实施职业卫生、放射卫生相关政策、标准。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。协调开展职业病防治工作。
（五）体制改革科。承担深化医药卫生体制改革具体工作，研究提出深化医药卫生体制改革政策、措施的建议，承担组织推进公立医院综合改革工作。
（六）疾病预防控制与卫生应急科。拟订重大疾病防治规划、严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施并组织实施，组织实施免疫规划，完善疾病预防控制体系，承担传染病疫情信息发布工作。承担卫生应急和紧急医学救援工作，组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作。指导卫生应急体系和能力建设。发布突发公共卫生事件应急处置信息。组织开展食品安全风险监测、评估和交流。
（七）医政医管科（行政审批科）。拟定医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策，组织并监督实施相关规范、标准，承担推进护理、康复事业发展工作。拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度。指导医疗机构药事、医疗机构感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作。承担执业医师、执业护士管理工作。负责保健对象的医疗保健工作，承担市重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。组织实施国家基本药物制度及药物政策。开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警。监督管理医疗卫生机构药事管理工作。负责实施依法设定的行政许可工作。
（八）中医药科。贯彻国家《中医药法》有关中医和中药法规、政策，负责制订中医和中药事业发展规划。负责中医、中西医结合机构及其医疗、教育和科研管理工作。负责中医药的继承、发掘、管理和提高工作，推动中医药强市建设。
（九）基层卫生与妇幼健康科。拟定基层卫生健康政策并组织实施相关标准和规范，指导基层卫生健康服务体系建设和乡村医生相关管理工作。拟定妇幼卫生健康政策并组织实施相关标准和规范，推进妇幼健康服务体系建设，指导妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。
（十）人口家庭发展与老龄健康科（市老龄工作委员会办公室）。承担人口信息监测工作并提出人口与家庭发展相关政策建议，组织实施生育政策，建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度。承担计划生育管理和服务工作。组织拟定并协调落实应对老龄化的政策措施。组织拟定医养结合的政策并组织实施相关标准和规范，建立和完善老年健康服务体系。承担市老龄工作委员会的具体工作。指导市计划生育协会的业务工作。
（十一）宣传与科技教育科。组织开展卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动，承担卫生健康科学普及、新闻和信息发布工作。拟订卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施。承担实验室生物安全监督工作。组织开展适宜技术推广工作。组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作，组织实施全科医生培训，协同指导医学院校教育。
（十二）人事科。拟定卫生健康人才发展政策，承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、队伍建设及卫生健康工作领域的国际交流与合作等工作，负责卫生健康专业技术人员资格及职称管理。承担机关和指导所属单位的离退休人员服务工作。
（十三）执法科（市卫生健康局综合行政执法支队）。承担卫生健康综合监督执法体系建设工作，拟定和实施卫生健康行政执法和监督管理工作规划、工作制度。开展公共场所卫生、学校卫生、职业卫生、放射卫生、生活饮用水、健康相关产品、传染病防治和采供用血机构、医疗卫生、中医服务、计划生育的行政执法工作，实施卫生健康行政处罚和行政强制措施。组织实施卫生健康行政执法稽查，协调市内跨区域执法，查处重大案件，参与危害公共卫生事件、重大疫情和突发事件的应急处置和调查处理，查处医疗卫生健康市场违法行为。受理有关卫生健康违法行为的举报投诉并进行查处。
(十四)机关党委。负责机关和所属单位的党群工作，承担民营医院和卫生社团组织党组织日常工作。
