市自然资源局设下列16个内设机构：
一、办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作。承担信息、安全、保密、政务公开、宣传等工作。承担组织编制市自然资源中长期规划和年度计划工作。协调自然资源领域综合改革有关工作。承担自然资源领域重大课题调研、重要文稿起草、综合统计分析工作。拟订有关财务、资金管理制度，负责机关和所属单位财务及国有资产监管，负责部门预决算、政府采购、财政拨付、内部审计工作。组织开展自然资源领域的对外交流合作。
二、政策法规科。承担有关地方性法规、规章草案和规范性文件起草工作。承担有关规范性文件的合法性审查工作。统筹协调本系统依法行政和普法工作，组织开展法治宣传教育。承担行政复议、行政应诉有关工作。负责自然资源信访工作。
三、行政审批科。负责对授权的自然资源行政审批事项和社会服务事项集中依法审批，对授权以外进驻实体窗口的业务负责材料传送，并做好协调督促工作。对“十统一”政务服务系统的运行、达标情况实行事前、事中监管。受理业务咨询。负责跨区域建设项目（含建筑、市政，下同）及重大项目的选址和建设工程设计方案审查、行政许可及规划条件核发，以及相应的建设工程验线和规划条件核实工作。负责城市基础设施配套费的代征工作。负责统筹协调分局的行政审批工作。
四、自然资源调查确权登记科（市政府调处自然资源争议办公室）。建立自然资源定期调查监测评价制度。定期组织实施全市性自然资源基础调查、变更调查、动态监测和分析评价。开展水、森林、湿地资源和地理国情等专项调查监测评价工作。承担自然资源调查监测评价成果的汇交、管理、维护、发布、共享和利用监督。指导县（市、区）自然资源调查监测评价工作。拟订各类自然资源和不动产统一确权登记、权籍调查、不动产测绘、争议调处、成果应用的制度。指导监督全市自然资源和不动产确权登记工作。建立健全全市自然资源和不动产登记信息管理基础平台，管理登记资料。调处土地、林权等重大自然资源权属争议。
五、自然资源开发利用科。拟订全民所有自然资源资产管理政策，建立全民所有自然资源资产统计制度，承担自然资源资产价值评估和资产核算工作。编制本市全民所有自然资源资产负债表，拟订相关考核标准。拟订全民所有自然资源资产划拨、出让、租赁、作价出资、土地储备政策。拟订自然资源资产有偿使用制度并监督实施，建立自然资源市场交易规则和交易平台，组织开展自然资源市场调控。负责自然资源市场监督管理和动态监测，建立自然资源市场信用体系。建立政府公示自然资源价格体系，组织开展自然资源分等定级价格评估。组织实施自然资源开发利用标准，开展评价考核，指导实施节约集约利用。统筹推进全市“三旧”改造工作，会同有关部门拟订“三旧”改造政策并组织实施。负责土地出让金行政征收。负责市建设用地审批（审核）委员会日常工作。
六、国土空间规划科。拟订国土空间规划相关政策，承担建立空间规划体系工作并监督实施。拟订城乡建设长远规划及年度规划编制计划。组织编制全市国土空间规划、市区总体规划和各相关专项规划并监督实施。负责组织编制、审核市规划区内控制性详细规划，负责组织编制重要地区、重点地段修建性详细规划及城市设计。承担报省政府及市政府审批的国土空间规划的审核、报批工作，指导和审核涉及国土空间开发利用的重大专项规划。开展国土空间开发适宜性评价，负责国土空间规划实施监测、评估和预警。
七、国土空间用途管制科。监督实施国土空间用途管制制度规范和技术标准。提出土地年度利用计划并组织实施。组织拟订耕地、林地、草地、湿地等国土空间用途转用政策，对建设项目用地进行审核和预审。承担各类土地用途转用的审核、报批工作。承担土地征收征用管理工作及城乡建设用地增减挂钩工作。拟订城乡规划管理等用途管制政策并监督实施。
八、耕地保护监督科。负责拟订并实施耕地保护政策规定，组织实施耕地保护责任目标考核和永久基本农田特殊保护，负责永久基本农田划定、占用和补划的监督管理。承担耕地占补平衡管理工作。负责耕地保护政策与林地、草地、湿地等土地资源保护政策的衔接。
九、国土空间生态修复科。负责承担国土空间生态修复政策研究工作，拟订国土空间生态修复规划。承担国土空间综合整治、土地整理复垦（含拆旧复垦）、矿山地质环境恢复治理等工作。承担生态保护补偿相关工作。指导县（市、区）国土空间生态修复工作。
十、地质勘查和地质灾害防治科。管理地质勘查行业和全市地质工作。组织编制地质勘查规划并监督检查执行情况。管理市级地质勘查项目，组织实施市重大地质矿产勘查专项。监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题。负责落实防灾减灾规划相关要求，组织编制地质灾害防治规划并指导实施。承担地质灾害预防和治理工作。参与地质灾害应急处置。组织指导协调和监督全市地质灾害调查评价及隐患的普查、详查、排查。指导开展群测群防、专业监测和预报预警等工作。
十一、矿产资源管理科。编制实施矿产资源规划。监督管理矿产资源合理利用和保护。承担探矿权、采矿权审批登记，负责重要矿区和保护性开采的特定矿种开采管理工作。承担矿产资源储量评审、备案、登记、统计和信息发布及建设项目压覆重要矿产查询相关工作。实施矿山储量动态管理，建立矿产资源安全监测预警体系。监督地质资料汇交、保管和利用。调处重大矿业权权属纠纷。监督管理古生物化石。
十二、村镇规划管理科。负责全市城镇规划的管理和督查；负责全市规划行业监管。负责对下辖县（市）规划管理进行技术指导和业务培训。负责组织对下辖县（市）县城及中心镇的总体规划进行审查（批）。负责全市城乡规划统计相关工作。指导绿道规划建设管理，统筹协调推进南粤古驿道修复和活化利用。
十三、自然资源技术科。拟订自然资源领域科技发展规划、计划并组织实施。组织实施自然资源领域市级重大科技工程、项目及创新能力建设。承担科技体系建设及科技成果的管理工作。负责拟订城乡规划管理相关技术标准，监督实施有关技术标准、规程规范。承担自然资源信息化改革和管理相关工作；负责自然资源信息数据库的管理；负责自然资源业务培训、技术会议、市城市规划委员会办公室日常工作。
十四、测绘地理信息管理科。拟订全市基础测绘规划、计划并监督实施。组织实施市级基础测绘和地理信息资源建设等重大项目。建立和管理全市测绘基准、测绘系统。监督管理民用测绘航空摄影和卫星遥感。拟订测绘行业管理政策，监督管理测绘活动、质量，管理测绘资质资格。拟订地理信息安全保密政策措施并监督实施。负责地理信息成果管理和测量标志保护，审核重要地理信息数据。负责地图管理，审查向社会公开的地图，监督互联网地图服务，开展国家版图意识宣传教育，协同拟订界线标准样图。提供地理信息应急保障，指导监督地理信息公共服务。
十五、执法监督科。拟订自然资源违法案件查处的规定并指导实施。查处重大国土空间规划和自然资源违法案件，指导监督全市违法案件调查处理工作，协调解决跨区域违法案件查处。配合国家自然资源领域督察相关工作。负责市规划区违法建设的规划定性工作。指导县（市、区）自然资源执法机构和队伍建设。
十六、人事科。承担机关和所属单位的人事管理、机构编制、劳动工资等工作。指导自然资源人才队伍建设等工作。承担机关和所属单位的离退休人员服务工作。承担行业相关的职称改革及专业技术职称评审工作。负责自然资源能力素质培训。
机关党委。负责机关和所属单位的党群工作。
